Το 1825 οι προστριβές του Ανδρούτσου με τους «καλαμαράδες», όπως αποκαλούσε τους πολιτικούς, ήταν η αιτία που διορίζουν αρχηγό στην Ανατολική Ελλάδα, τον Γιάννη τον Γκούρα. Ο Ανδρούτσος λοιπόν, παραδίνεται στον Γκούρα που τον φυλάκισε στα προπύλαια της Ακρόπολης. Δημιουργήθηκε πολύ μεγάλη αντίδραση τότε, από τον Καραϊσκάκη, τον Μπότσαρη κι άλλους αγωνιστές που ζητούσαν την καθαίρεση του Γκούρα. Παρόλα αυτά όμως, παρ’ όλες τις αντιδράσεις, ο Οδυσσέας δολοφονήθηκε στη φυλακή με εντολή του Γκούρα από ανθρώπους του Γκούρα, στις 5 Ιουνίου που τον βρήκαν γκρεμισμένο από την Ακρόπολη.