Το όνομα είναι προελληνικό και ετυμολογείται από το φοινικικό Λάβι= λιοντάρι ή από την αρχαία προελληνική λέξη Λέβυνθος. Σύμφωνα με τη μυθολογία, ένα από τα λιοντάρια που έσυρε την άμαξα της Ρέας έγινε πέτρα από τη θέση αυτή και γι’ αυτό ονομάστηκε Λεβήν. Αλλά το πιθανότερο είναι ότι το όνομα οφείλεται στο παρακείμενο ακρωτήριο το οποίο μοιάζει με λιοντάρι από τη συγκεκριμένη θέση στην οποία βρίσκετα

Κατά τις τελευταίες ανασκαφές του Στυλιανού Αλεξίου ανακαλύφθηκε πρωτομινωικός οικισμός που χρονολογείται από το 2.500- 1.900 π. Χ., ο οποίος είχε εμπορικές σχέσεις με την Αίγυπτο. Σε θολωτούς τάφους πρωτομινωικού τύπου βρέθηκαν πολλά λίθινα και πήλινα αγγεία με πρωτοφανή σχήματα (σκαραβαίοι κλπ.). Ανασκάφηκε κυκλικός θολωτός τάφος με χώρο για τη νεκρική λατρεία όπου έκαιγαν αρώματα με σκοπό να μη μυρίζει άσχημα από τους νεκρούς.

Η Λεβήν ήκμασε στα ελληνορωμαϊκά χρόνια, ως λιμάνι της Γόρτυνας αλλά και ως ιερή πόλη, όπου λατρευόταν ο Ασκληπιός και η Υγιεία Σώτειρα, Το Ασκληπιείο ήταν στην ακμή του κατά τα αυτοκρατορικά χρόνια της Ρώμης.

Το αρχαιότερο μνημείο της Λεβήνος είναι ο Θησαυρός, τετράγωνο πηγάδι βάθους 1.090 μ. που χρονολογείται από το 2ο ή τον 1ο αιώνα π. Χ. Στο βάθος του ναού του Ασκληπιού σώζεται βωμός (εξέδρα), όπου ήταν τοποθετημένα τα αγάλματα του Ασκληπιού και της Υγιείας, τα οποία έσπασαν οι χωρικοί τα τελευταία χρόνια ζητώντας χρυσό μέσα σε αυτά.

Ανατολικότερα στο βάθος 3,30μ. βρέθηκε η πηγή του νερού με θεραπευτικές ιδιότητες. Υπήρχαν επίσης κολυμπήθρες , οι οποίες επικοινωνούσαν μέσα στις οποίες λούζονταν οι ασθενείς.

Η Λεβήν εγκαταλείφθηκε κατά τον 7ο ή 8ο αιώνα, όπως και πολλές άλλες παράλιες πόλεις εξαιτίας της πειρατείας.