Ο Άγιος Θωμάς είναι χωριό στην Περιφερειακή Ενότητα Βοιωτίας. Αποτελεί την ομώνυμη Τοπική Κοινότητα του καλλικρατικού Δήμου Τανάγρας από το 2011. Από το 1997 έως το 2010 μαζί με το Κλειδί, τα Οινόφυτα και τμήμα του Δήλεσι αποτελούσαν τον Δήμο Οινοφύτων. Το χωριό απέχει από την Αθήνα 70 χλμ. Προσεγγίζεται από την Εθνική Οδό Αθηνών-Θεσσαλονίκης στο ύψος του Αυλώνα ή από την Ελευσίνα, μέσω Στεφάνης, Σκούρτων, Κλειδίου.