Το 1825 ήταν το έτος της Επανάστασης που χαρακτηρίζεται από τις εμφύλιες προστριβές μεταξύ στρατιωτικών και πολιτικών. Οι προστριβές του Ανδρούτσου με τους πολιτικούς τους οποίους αποκαλούσε ''καλαμαράδες'', ήταν η αιτία που εκείνοι διόρισαν στις 20 Φεβρουαρίου αρχηγό στην Αν. Ελλάδα τον Γκούρα και διέταξαν εκστρατεία εναντίον του Ανδρούτσου. Ο Γκούρας επέστρεψε στην Αθήνα από την εκστρατεία νικητής. Στις 12 Μαρτίου ο Γκούρας έφυγε ξανά από την Αθήνα για να καταδιώξει τον Ανδρούτσο. Ο Ανδρούτσος είχε στην διάθεση του μικρή στρατιωτική δύναμη εν αντιθέσει με τον Γκούρα ο οποίος ενισχυόταν συνεχώς. Στις 7 Απριλίου 1825 έλαβε χώρα η παράδοση του Ανδρούτσου στον Γκούρα με την ελπίδα ότι θα λάβει αμνηστία και ότι δεν θα χυθεί αδελφικό αίμα. Ωστόσο, Ο Γ. Γκούρας τον έστειλε με συνοδεία στην Αθήνα και τον φυλάκισε στα προπύλαια της Ακρόπολης.