Ο αρχαιολογικός χώρος της Πραισού βρίσκεται περίπου 13 χλμ. νότια της Σητείας (νομός Λασιθίου) και 2 χλμ. βόρεια του χωριού Νέα Πραισός. Η πόλη εκτεινόταν στο χώρο δύο γειτονικών, χωριζόμενων από διάσελο λόφων που ονομάζονται συμβατικά «Ακρόπολη Α» και «Ακρόπολη Β» (η ανατολική και δυτική αντίστοιχα), ενώ τρίτο ύψωμα νότια των πρώτων, ο επονομαζόμενος «Βωμός-Λόφος» ή «Ακρόπολη Γ» φιλοξενούσε σημαντικό ιερό. Νοτιοανατολικά του τελευταίου βρισκόταν τα νεκροταφεία της πόλης. Επιπλέον, νότια του οικισμού υπήρχαν περιαστικά ιερά.