Ένα από τα σημαντικά σπήλαια ήταν αυτό της Ειλειθυίας, το οποίο βρίσκεται 7 χλμ. ανατολικά του Ηρακλείου, κοντά στην Αμνισό. Αναπτύσσεται στις ανατολικές παρειές της κοιλάδας του ποταμού Καρτερού, στην ενδοχώρα. Η ανάπτυξη του είναι επιμήκης με κατεύθυνση Α-Δ και μέγιστες διαστάσεις 64 x 9 x 4,5.Το συγκεκριμένο σπήλαιο ξεκίνησε ως τόπος διαμονής προϊστορικών ανθρώπων, ενώ κατά την 3η χιλιετία εξελίχθηκε σε τόπο μινωικής λατρείας. Από τότε συνέχισε τη διαχρονική πορεία του μέχρι και τον 5ο - 6ο αι. μ.Χ. Αποτελεί έναν από τους ιερότερους θρησκευτικούς τόπους, καθώς κατάφερε να επιζήσει δύο πολιτισμών (μινωικός, ελληνικός) και τριών θρησκειών (μινωική, μυκηναϊκή, δωδεκάθεο του Ολύμπου) και να διατηρήσει τη σπουδαιότητά του. Η Ειλειθυία είναι η θεά των τοκετών και το σπήλαιο αυτό ήταν ο κυριότερος τόπος της λατρείας της. Τη γέννησε η θεά Ήρα μέσα σ' αυτό το σπήλαιο σύμφωνα με την παράδοση, όπως αναφέρει ο Όμηρος (τ 188). Tα ευρήματα μαρτυρούν συνεχή χρήση του σπηλαίου από τη Nεολιθική μέχρι και την ύστερη Pωμαϊκή περίοδο. Συστηματική ήταν η χρήση του κυρίως την Nεολιθική, Mινωική και Pωμαϊκή περίοδο. Επίσης εντοπίστηκαν ίχνη λατρείας των παλαιοχριστιανικών χρόνων (5ος αιώνας).