Ο Στέλιος Μουζάκης γεννήθηκε στην Αθήνα. Είναι πολιτικός μηχανικός, ερευνητής πολιτισμών. Συστηματικά ασχολείται με την έρευνα και παρουσίαση βυζαντινών και μεταβυζαντινών μνημείων και χειρογράφων, ενώ παράλληλα έχει ασχοληθεί με ποικίλα θέματα του νεοελληνικού λαϊκού πολιτισμού.
Έχει πλούσιο συγγραφικό και εκδοτικό έργο. Μελέτες του έχουν δημοσιευτεί σε ελληνικά και ξένα επιστημονικά περιοδικά και επετηρίδες. Είναι τακτικό μέλος σε επιστημονικές εταιρείες Ιστορίας, Αρχαιολογίας και Λαογραφίας. Μεταξύ άλλων είναι μέλος στην Ελληνική Λαογραφική Εταιρεία, στην Εταιρεία Βυζαντινών Σπουδών, στην Ελληνική Εταιρεία Εθνολογικών Σπουδών, ιδρυτικό μέλος και πρόεδρος της Επιστημονικής Εταιρείας Αττικών Μελετών, στην Ελληνική Εραλδική - Γενεαλογική Εταιρεία, μέλος της The International Molinological Society (TIMS), ιδρυτικό μέλος του Center of Greek-Russian Historical Research (CE.HI.R.), μέλος του Δ.Σ. του Φιλολογικού Συλλόγου "Παρνασσός", της Federation Internationale des Journalistes et Ecrivains du Tourisme, κ.ά. Ιδρυτικό μέλος του Ινστιτούτου των Ελληνικών Μύλων (ΙτΕΜ). Έχει συνεργαστεί σε συλλογικούς τόμους και σε ιστορικά λεξικογραφικά έργα, όπως "Μεγάλη Γενική Εγκυκλοπαίδεια Yδρία", "Εγκυκλοπαιδικό Προσωπογραφικό Λεξικό Βυζαντινής Ιστορίας και Πολιτισμού (ΕΠΛΒΙΠ)", "Λεξικό Βυζαντινής Πελοποννήσου (ΛΒΠ)", περιοδικό "Ιστορικά θέματα". Έχει πραγματοποιήσει διαλέξεις ή ομιλίες και έχει συμμετάσχει σε διάφορα ελληνικά και διεθνή συνέδρια με πρωτότυπες ανακοινώσεις, επί αντιστοίχων θεμάτων.
Τέλος, έχει συνεργαστεί στην εκπόνηση και ολοκλήρωση διαφόρων ερευνητικών προγραμμάτων όπως, "Το νερό κινητήρια δύναμη στα παραδοσιακά ενεργειακά συστήματα του Αιγαίου από τη Θράκη ως την Κύπρο" του Υπουργείου Αιγαίου. Βιβλιοκρισίες και παρουσιάσεις έργων του έχουν δημοσιευτεί σε ελληνικά και ξένα επιστημονικά περιοδικά. Για το έργο του έχει τιμηθεί με διάφορες διακρίσεις και βραβεία.