Κατά τα τέλη του Σεπτέμβρη 1826 οι έγκλειστοι στρατιώτες του Γκούρα στην Ακρόπολη παραπονούνταν για την εξωτερική βοήθεια που δεν ερχόταν. Αρκετοί είχαν ήδη ξεκινήσει τις λιποταξίες, ενώ ο Γκούρας αγωνιζόταν να τους κρατήσει στο στρατόπεδο.Η επόμενη του κίνηση ήταν να συγκαλέσει τους συμπολεμιστές του και να προτρέψει τον οπλαρχηγό Στάθη Κατσικογιάννη να βγει από την Ακρόπολη και να ζητήσει από τον Καραισκάκη και άλλους οπλαρχηγούς. Οι στρατιώτες αντέδρασαν έντονα που αποστελλόταν ένας οπλαρχηγός να εκτελέσει ''χρέη ταχυδρόμου'' και ο Γκούρας τους καθησύχασε λέγοντας ότι θα στείλει 2 στρατιώτες να ενημερώσουν τον Φαβιέρο. Όλα αυτά συνέβησαν στις 30 Σεπτεμβρίου 1826 που ήταν και η μοιραία μέρα. Ο Μακρυγιάννης περιγράφει στα απομνημονεύματα του με λεπτομέρειες τις τελευταίες ώρες του Γκούρα πριν τον θάνατο του. Ο Γιάννης Γκούρας πέθανε τα μεσάνυχτα της 30ης Σεπτεμβρίου προς 1η Οκτωβρίου 1826 σε μια μάχη στην Ακρόπολη. Ο πυροβολισμός των Τούρκων τον πέτυχε στον κρόταφο και τον σκότωσε ακαριαία. Έπεσε νεκρός στο ίδιο σχεδόν σημείο όπου είχε βρεθεί το πτώμα του Ανδρούτσου.