Ο Σ. Μαρινάτος γεννήθηκε στο Ληξούρι της Κεφαλλονιάς στις 4 Νοεμβρίου του 1901 και πέθανε στον χώρο του ανασκαφών του προϊστορικού οικισμού του Ακρωτηρίου της Σαντορίνης την 1 Οκτωβρίου του 1974. Σπούδασε αρχαιολογία στη Φιλοσοφική Σχολή του Πανεπιστημίου Αθηνών, από όπου αποφοίτησε το 1921. Το 1925 διορίστηκε Έφορος Αρχαιοτήτων Κρήτης. Κατά την περίοδο 1927-1929 έφυγε για μετεκπαίδευση στη Γερμανία.

Την περίοδο 1937-1939 ήταν διευθυντής Αρχαιοτήτων και Ιστορικών Μνημείων του Υπουργείου Παιδείας. Το 1939 εκλέχθηκε τακτικός καθηγητής της Αρχαιολογίας στο Πανεπιστήμιο Αθηνών. Το 1955 εκλέχθηκε τακτικό μέλος της Ακαδημίας Αθηνών. Την περίοδο 1955-1958 διετέλεσε για δεύτερη φορά διευθυντής Αρχαιοτήτων και Ιστορικών Μνημείων του Υπουργείου Παιδείας. Το 1958 εκλέχθηκε πρύτανης του Πανεπιστημίου Αθηνών. Το 1967 ανέλαβε τη Γενική Επιθεώρηση Αρχαιοτήτων.

Κατά την περίοδο 1967-1974 πραγματοποίησε ανασκαφές στο Ακρωτήρι της Σαντορίνης

Την 1η Οκτωβρίου του 1974, ο Σπυρίδων Μαρινάτος πέθανε σε δυστύχημα στη λεγόμενη «Τριγωνική Πλατεία», στον χώρο των ανασκαφών του προϊστορικού οικισμού του Ακρωτηρίου.