Η πολιορκία της Ακρόπολης από τον Κιουταχή αποτέλεσε μια κρίσιμη καμπή στο πλαίσιο του αγώνα για ανεξαρτησία τών Ελλήνων. Τόσο από στρατηγικής όσο και από διπλωματικής απόψεως η απελευθέρωση της Αθήνας βάραινε στην έκβαση του αγώνα αλλά και στην προώθηση του αιτήματος για ανεξαρτησία και την εξασφάλιση διεθνούς στήριξης.

Από τις 3 Ιουλίου του 1826 ο Κιουταχής με 10.000 ιππείς, πεζούς και πολλά πυροβόλα είχε στρατοπεδεύσει κοντά στην Αθήνα. Ο Καραϊσκάκης αναχώρησε από το Ναύπλιο στις 19 Ιουλίου και έφθασε στη Σαλαμίνα με μια δύναμη που δεν ξεπερνούσε τους 130 πολεμιστές, λόγω της αδυναμίας της κυβέρνησης να τον εφοδιάσει καλύτερα. Εκτός της Ακρόπολης των Αθηνών που τη φρουρούσε ο Γκούρας, τις θέσεις Κάζα και Δερβενοχώρια φρουρούσαν δύο οπλαρχηγοί, ο Βάσσος και ο Κριεζώτης οι οποίοι είχαν απορρίψει όλες τις προτάσεις υποταγής. Ο Καραϊσκάκης αφού συνεννοήθηκε με αυτούς έστησε το στρατηγείο του στην Ελευσίνα όπου κατόρθωσε μέσα σε μικρό διάστημα να συγκεντρώσει 1.000 περίπου Πελοποννήσιους υπό τον Γεώργιο Χελιώτη, τους οποίους έθεσε στις διαταγές του Φαβιέρου. Ωστόσο, Καραϊσκάκης και Φαβιέρος διαφωνούσαν ως προς τις μεθόδους μάχης.

Οι δυνάμεις των πολιορκημένων Αθηναίων ήταν γύρω στους 1.400 άνδρες αποφασισμένοι να πεθάνουν μέχρις ενός, εμπνεόμενοι από το παράδειγμα του Μεσολογγίου. Όλος ο μήνας πέρασε με μικρές αιφνιδιαστικές εξόδους των πολιορκημένων, με τις οποίες κατέφεραν πλήγματα στους αντιπάλους τους. Στις 3 Αυγούστου, 5.000 Τούρκοι χτύπησαν ένα αδύνατο σημείο των τειχών που υπεράσπιζαν 800 Έλληνες και τους ανάγκασαν να υποχωρήσουν και να κλειστούν στην Ακρόπολη. Οι Έλληνες συνέχισαν τις αιφνιδιαστικές καθόδους. Μέσα στην Ακρόπολη, παρά τις επιτυχίες των πολιορκημένων, το ηθικό των ανδρών του φρούραρχου της Ακρόπολης Γιάννη Γκούρα είχε διαβρωθεί και ορισμένοι ήθελαν να λιποτακτήσουν. Για αυτόν τον λόγο ο Γκούρας και οι δημογέροντες της Αθήνας ήθελαν να εισέλθει ένα ακόμα σώμα στην Ακρόπολη. Οι Επτανήσιοι επιχείρησαν να μπουν δύο φορές, αλλά και τις δύο φορές απέτυχαν. Οι δυσκολίες μεγάλωναν και όλοι περίμεναν βοήθεια από τον Καραϊσκάκη. Γύρω από την Ακρόπολη στρατεύματα υπό τον Καραϊσκάκη, τον Φαβιέρο, τον Μαυροβουνιώτη και τον Κριεζώτη, διεξάγουν μάχες με τα στρατεύματα του Κιουταχή.

Στις 30 Σεπτεμβρίου σκοτώνεται από εχθρική σφαίρα ο φρούραρχος της Ακρόπολης Γιάννης Γκούρας. Ο Καραϊσκάκης πρότεινε να εισέλθει στην Ακρόπολη ο Κριεζώτης με τους άνδρες του. Στις 12 Οκτωβρίου, ο Κριεζώτης και 450 άνδρες του κατόρθωσαν να φτάσουν απαρατήρητοι ως τον λόφο τού Φιλοπάππου και από εκεί, αφού έτρεψαν σε φυγή τους λίγους Τούρκους που φρουρούσαν το σημείο αυτό να ανέβουν σώοι στην Ακρόπολη. Ο Καραϊσκάκης ταυτόχρονα επιχειρούσε αντιπερισπασμό στα Πατήσια. Στις 17 Νοεμβρίου οι πολιορκημένοι ζήτησαν ποσότητα μπαρουτιού από την κυβέρνηση. Μάλιστα ο ίδιος ο Μακρυγιάννης βγήκε για να μεταφέρει το αίτημα. Η επιχείρηση ανεφοδιασμού των πολιορκημένων ανατέθηκε από την κυβέρνηση στον Φαβιέρο, ο οποίος βρισκόταν εκείνη τη στιγμή στα Μέγαρα. Ο Φαβιέρος, ανταποκρινόμενος στην πρόσκληση, μαζί με δύο τάγματα πεζικού, τους φιλέλληνες και τους πυροβολητές, συνολικά 480 άνδρες, έφτασε από την περιοχή Τρείς Πύργοι (λιμάνι του Φαλήρου), μεταφέροντας την πυρίτιδα. Λίγο πριν τα μεσάνυχτα οι άνδρες του Φαβιέρου και ενώ βρίσκονταν στην περιοχή ανάμεσα στο λόφο των Μουσών και στο Ωδείο, έγιναν αντιληπτοί από την τουρκική φρουρά και ενεπλάκησαν σε μάχη σώμα με σώμα. Οι άνδρες του Κριεζώτη που φυλούσαν αυτό το σημείο της Ακρόπολης παρεξήγησαν αρχικά και άρχισαν να πυροβολούν. Γρήγορα όμως αντελήφθησαν τι συνέβαινε και έσπευσαν να βοηθήσουν τους Έλληνες. Από τη συμπλοκή σκοτώθηκαν 100 Έλληνες και τραυματίστηκαν 25, ωστόσο η επιχείρηση ήταν μεγάλη επιτυχία καθώς ο ανεφοδιασμός των πολιορκημένων ήταν πολύ σημαντικός.

Στα μέσα του Ιανουαρίου του 1827 διάφοροι επίσημοι με επιστολές ζητούσαν την παρουσία του Καραϊσκάκη στην Ακρόπολη. 

Ο Καραϊσκάκης επέστρεψε στην Ελευσίνα στις 23 Φεβρουαρίου. Η άφιξη του Καραϊσκάκη χαιρετίστηκε με ενθουσιασμό, γιατί όλες οι ελπίδες για την σωτηρία της Ακρόπολης έχουν εναποτεθεί σε αυτόν. Τόσο η κυβέρνηση όσο και ο Καραϊσκάκης γνώριζαν ότι αν έπεφτε η Ακρόπολη θα υποτάσσονταν ολόκληρη η Στερεά. Για τον σκοπό αυτόν το στρατόπεδο της Ελευσίνας είχε ενισχυθεί από τον Καραϊσκάκη και την κυβέρνηση στο μεταξύ διάστημα με 6000 άνδρες, δύο ατμοκίνητες φρεγάτες, την «Ελλάς» και την «Καρτερία» και πολλά μικρότερα πλοία, ενίσχυση που έγινε δυνατή τόσο λόγω φιλελληνικών προσφορών, μετά την πτώση του Μεσολογγίου, όσο και λόγω της εκτέλεσης της παραγγελίας πλοίων και πολεμοφοδίων με χρήματα του δεύτερου δανείου.

Στις 13 Απριλίου, το απόγευμα, οι Έλληνες με τον Καραϊσκάκη και τον Γενναίο Κολοκοτρώνη, ξεκινούν από το Κερατσίνι και κάνουν επίθεση ενάντια στα εχθρικά οχυρώματα, που εκτείνονταν από το Φάληρο έως το λιμάνι του Πειραιά, τα οποία και καταλαμβάνουν.

Την 22η Απριλίου, σε μία τυχαία συμπλοκή Ελλήνων και Τουρκαλβανών, τραυματίστηκε θανάσιμα ο Καραϊσκάκης στην κοιλιά από Τούρκο ιππέα. Πέθανε στις 23 Απριλίου, την ημέρα της γιορτής του.

Μετά τον θάνατο του Καραϊσκάκη και την καταστροφή του στρατού της 24ης Απριλίου, πανικός κατέλαβε το Ελληνικό στρατόπεδο, το οποίο σιγά-σιγά διαλύθηκε, γιατί οι στρατιώτες άρχισαν να λιποτακτούν και δεν είχαν καμία εμπιστοσύνη ούτε στους αρχηγούς, αλλά ούτε και στην κυβέρνηση. Η λιποταξία άρχισε αμέσως και εξακολούθησε αδιάκοπα. Η απαρίθμηση στις 27 Απριλίου έδειξε ότι η δύναμη του στρατού ανέρχονταν στις 3.500 άνδρες. Ο Κιουταχής την επόμενη μέρα κάλεσε τους πολιορκημένους να παραδώσουν την Ακρόπολη, αλλά αυτοί απέρριψαν την πρότασή του.

Τελικά, η Ακρόπολη παραδόθηκε στις 25 Μαΐου και οι πολιορκημένοι επιβιβάστηκαν σε γαλλικά και αυστριακά πλοία με προορισμό τη Σαλαμίνα. Φυσικό ήταν να αναζητηθούν ευθύνες για την ατυχή έκβαση των προσπαθειών να απελευθερωθεί η Αττική από τους Τούρκους.